Основе биоинформатике (БФБ10)
Универзитет у Београду
ЕСПБ: 9.0
Садржај теоријске наставе
"Основи генетике: Рекомбинација и генска интеракција. Генетски полиморфизми (хаплотипови генома). Номенклатура маркера у геному човека. Мутације (подела по величини захвата, капацитету, номенклатура). Генске експресије, транскрипција и транслација.
Секвенцирање података: Датотеке и обрада података. Претраживање и процесирање кодона. Добијање филогенских мрежа. Секвенционалне и структурне обраде података. Динамичко програмирање, алгоритми самоучења и еволуциони алгоритми.
Основни начини моделовања: Појам регулације генских мрежа и регулациони мотиви. Примена неких области науке на биоинформатику: основне поставке теорије вероватноће и статистике (случајне варијабле, па до Марковљевих процеса). Основе примене теорије вештачке интелигенције (стохастичка граматике, лингвистика, ћелијски аутомати).
Генске мреже: Реконструкција генских регулаторних мрежа (Bayes-ове мреже, линеарни модел). Мреже поверења (динамичке мреже, „скривени“ Марковљев модел). Примена теорије графова. Моделовање ћелијским аутоматима. Хибридни модели.
"
Садржај практичне наставе
Индивидуални део изборног курса. Обрада одабране теме уз коришћење математичких, статистичких и графичких програмских пакета.
Предуслов
Положени изборни предмет.
Циљ
Да упозна студенте са основним теоријским елементима биоинформатике са рачунарским приступом.
Литература
# Ott, Jurg, Analysis of Human Genetic Linkage, John Hopkins University Press, London (1991).
# Hui Liu, B. Statistical Genomics, 5th ed., CRC Press, New York (1998).
# Bioinformatics (Tools and Applications), edited by Edwards, D, Stajich, J. and Hansen, D, Springer-Verlag (2009).
# Polanski, А. and Kimmel, M, Bioinformatics, Springer-Verlag, Berlin (2007).
# Arthur M. Lesk, Introduction to Bioinformatics, Oxford University press, Oxford (2002).
Тип испитивања
Методе извођења наставе
Предавања, практична настава и семинарски рад.
Наставници