Статистичка физика биополимера (БФВ8)

Универзитет у Београду

ЕСПБ: 6.0

Садржај теоријске наставе

Структура полимера. Врсте полимерних система. Особине изолованог полимерног ланца: конформације, ротација веза и величина полимерног клупка, модел случајне шетње (идеалaн ланац), ефекти краткодометних интеракција (слободно ротирајући ланац, ограничена ротација итд.), концепт дужине статистичког сегмента (дужина перзистенције/Кунова дужина), радијус жирације, расподела вероватноће конформација, непресецајућа кретања и ефекат искључене запремине. Деловање силе на полимерне ланце. Адсорпција полимера. Температурски ефекти: скејлинг модели, Флоријева теорија полимера у добром и лошем растварачу, колапс прелаз. Компактне полимерне конформације. Основни модели за описивање динамике полимера. Основне карактеристике биолошких полимера. Примарна и секундарна структура биополимера. Теорија прелаза спирала-клупче за једно- и дво-ланчане хомополимере. Прелаз спирала-клупче за хетерополимере. Терцијарне структуре ДНК и протеина. Основни модели денатурације ДНК (Poland-Scheraga, Peyrard-Bishop). Денатурација деловањем силе (unzipping). Статистичка механика секундарних структура РНК.

Садржај практичне наставе

На рачунским вежбама разрађују се конкретни проблеми везани за оно што је испредавано у оквиру теоријске наставе. Тема семинарског рада или студијског истраживачког рада се конципира у зависности од конкретних истраживачких интересовања кандидата, а опет везано за неку од тема из теоријске наставе.

Предуслов

положени обавезни предмети

Циљ

Циљ предмета је да студенти добију увид у модеран приступ физици биополимера.

Литература

# „Polymer Physics“ M. Rubinstein and R.H. Colby, Oxford University Press 2003. # „Computational Biology – A Statistical Mechanics Perspective“ R. Blossey, Chapman&Hall/CRC, Taylor&Francis Group 2006. # "Scaling concepts in polymer physics" P. G. de Gennes, 1979.

Тип испитивања

Методе извођења наставе

предавања, рачунске вежбе, усмено излагање семинарских радова студената

Наставници