Статистичка физика биополимера (БФВ8)
Универзитет у Београду
ЕСПБ: 6.0
Садржај теоријске наставе
Структура полимера. Врсте полимерних система. Особине изолованог полимерног ланца: конформације, ротација веза и величина полимерног клупка, модел случајне шетње (идеалaн ланац), ефекти краткодометних интеракција (слободно ротирајући ланац, ограничена ротација итд.), концепт дужине статистичког сегмента (дужина перзистенције/Кунова дужина), радијус жирације, расподела вероватноће конформација, непресецајућа кретања и ефекат искључене запремине. Деловање силе на полимерне ланце. Адсорпција полимера. Температурски ефекти: скејлинг модели, Флоријева теорија полимера у добром и лошем растварачу, колапс прелаз. Компактне полимерне конформације. Основни модели за описивање динамике полимера. Основне карактеристике биолошких полимера. Примарна и секундарна структура биополимера. Теорија прелаза спирала-клупче за једно- и дво-ланчане хомополимере. Прелаз спирала-клупче за хетерополимере. Терцијарне структуре ДНК и протеина. Основни модели денатурације ДНК (Poland-Scheraga, Peyrard-Bishop). Денатурација деловањем силе (unzipping). Статистичка механика секундарних структура РНК.
Садржај практичне наставе
На рачунским вежбама разрађују се конкретни проблеми везани за оно што је испредавано у оквиру теоријске наставе. Тема семинарског рада или студијског истраживачког рада се конципира у зависности од конкретних истраживачких интересовања кандидата, а опет везано за неку од тема из теоријске наставе.
Предуслов
положени обавезни предмети
Циљ
Циљ предмета је да студенти добију увид у модеран приступ физици биополимера.
Литература
# „Polymer Physics“ M. Rubinstein and R.H. Colby, Oxford University Press 2003.
# „Computational Biology – A Statistical Mechanics Perspective“ R. Blossey, Chapman&Hall/CRC, Taylor&Francis Group 2006.
# "Scaling concepts in polymer physics" P. G. de Gennes, 1979.
Тип испитивања
Методе извођења наставе
предавања, рачунске вежбе, усмено излагање семинарских радова студената
Наставници